Μία από τις κύριες δραστηριότητες του Φορέα είναι η εφαρμογή του Προγράμματος Επιστημονικής Παρακολούθησης. Η εποπτεία των τύπων οικοτόπων και των ειδών κοινοτικού ενδιαφέροντος στην Ελλάδα (περιοχές του δικτύου NATURA 2000) πραγματοποιείται σε ανταπόκριση της χώρας στις υποχρεώσεις που απορρέουν από την Οδηγίες 92/43/ΕΟΚ και 2009/14/ΕΕ. Η επιστημονική παρακολούθηση (monitoring) των προστατευόμενων αντικειμένων σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο είναι απαραίτητη για την αξιολόγηση της κατάστασης του φυσικού περιβάλλοντος, αποτελεί δε απαραίτητο εργαλείο για το βέλτιστο σχεδιασμό των μέτρων διαχείρισης της περιοχής, σκοπός των οποίων, μεταξύ άλλων είναι και η εξασφάλιση ικανοποιητικής κατάστασης διατήρησης, η ανόρθωση ή/και η αποκατάσταση των τύπων οικοτόπων και των ενδιαιτημάτων των πληθυσμών των ειδών της Οδηγίας 92/43.
Το Πρόγραμμα παρακολούθησης του Εθνικό Δρυμού Πάρνηθας αποσκοπεί στην αξιολόγηση της κατάστασης διατήρησης των τύπων οικοτόπων και των σημαντικών ειδών χλωρίδας και πανίδας που εντοπίζονται στην περιοχή. Ειδικότερα ο στόχος αυτός επιμερίζεται στους εξής στόχους:
- Με την εφαρμογή του προγράμματος παρακολούθησης εκπληρώνονται οι κοινοτικές και διεθνείς υποχρεώσεις παρακολούθησης της βιοποικιλότητας και των προστατευόμενων ειδών και τύπων οικοτόπων.
- Πραγματοποιείται καταγραφή και παρακολούθηση των ειδών που θεωρούνται σημαντικά σε εθνικό και τοπικό επίπεδο (ενδημικά, στενότοπα ενδημικά).
Παρακολούθηση του πληθυσμού του Κόκκινου Ελαφιού (Cervus elaphus) και του λύκου (Canis lupus)
Το κόκκινο ελάφι περιλαμβάνεται στα «Κινδυνεύοντα» είδη σύμφωνα με το Κόκκινο Βιβλίο, δηλαδή είδη που αντιμετωπίζουν κίνδυνο εξαφάνισης από το φυσικό τους χώρο στο άμεσο μέλλον, αποτελεί αντικείμενο προστασίας βάσει της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ και εντάσσεται στο Παράρτημα ΙΙΙ της Συνθήκης της Βέρνης.
Η Πάρνηθα διατηρεί τον πιο ακμαίο πληθυσμό στην Ελλάδα που συμμετέχει ως φυσικός βοσκητής στο οικοσύστημά της. Πρόκειται για τον μοναδικό φυσικό πληθυσμό στη χώρα, το 75% του οποίου είναι αυτόχθονος, δηλαδή απόγονοι ελαφιών που ζούσαν πάντα στην Πάρνηθα και αποτελεί έναν ξεχωριστό απομονωμένο υποπληθυσμό.
Από το 2008 μέχρι σήμερα (Πρόγραμμα Επιστημονικής Παρακολούθησης): Αρχικά ο πληθυσμός παρουσιάζεται ακμαίος με αυξητικές τάσεις (2012-2015), ενώ από το 2016 και μετά παρουσιάζει μεγάλη πτωτική τάση, η οποία οφείλεται στη θήρευσή του από τον επανεμφανιζόμενο λύκο (η επανεμφάνιση του λύκου εκτιμάται από το 2012).
Ο λύκος προστατεύεται από την κοινοτική νομοθεσία, με την Ευρωπαϊκή Οδηγία 92/43/ΕΟΚ, για τα είδη και τους τύπους οικοτόπων, αποτελεί είδος προτεραιότητας (92/43/Annex II, IV) και είναι υποχρέωση της χώρας η διατήρηση της παρούσας κατάστασης πληθυσμιακού δυναμικού και της παρούσας χωρικής κατανομής στην περιοχή νοτίως του 39ου παράλληλου.
